Экономические науки

PHYLOGENETIC ANALYSIS OF ORF7 SEQUENCES FROM PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUS ISOLATES [ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ИЗОЛЯТОВ ВИРУСА РЕПРОДУКТИВНО-РЕСПИРАТОРНОГО СИНДРОМА СВИНЕЙ ПО ГЕНУ ORF7]

Tkachik T.E., Tolkova E.S.

Email: Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в вашем браузере должен быть включен Javascript.

Tkachik Timofey Eduardovich - PhD in Biology, Head;

Tolkova Ekaterina Sergeevna – Specialist,

CENTRE OF GENOMICS AND MOLECULAR BIOLOGY,

LLC RTC “CHERKIZOVO”,

MOSCOW

Abstract: the aim of this study was to evaluate genetic variability of ORF7 of recent PRRSV isolates obtained from various farms in Russian Federation by performing phylogenetic analysis of sequences. Overall, 32 full sequences of ORF7 were obtained. Alignment was performed for nucleotide sequences and amino acid sequences. For nucleotide sequence alignment phylogenetic tree was constructed. Phylogenetic analysis showed that type 1 PRRSV isolates belonged to subtype 1. Type 2 PRRSV isolates most closely resembled Ingelvac® PRRS MLV vaccine strain which corresponds with previously published data. Amino acid sequence alignment showed only single amino acid substitutions.

Keywords: PRRS, ORF7, capillary electrophoresis, phylogenetic analysis.

Ткачик Т.Э., Толькова Е.С.

Ткачик Тимофей Эдуардович - кандидат биологических наук, руководитель;

Толькова Екатерина Сергеевна - специалист,

Центр геномики и молекулярной биологии,

ООО Научно-испытательный центр «ЧЕРКИЗОВО»,

г. Москва

Аннотация: целью данного исследования было оценить вариабельность гена ORF7 изолятов вируса РРСС, выделенных со свиноферм в различных регионах Российской Федерации. Было получено в общей сложности 32 полных сиквенса ORF7. Проведено выравнивание нуклеотидных последовательностей с последующим построением дендрограмм и выравнивание аминокислотных последовательностей. Филогенетический анализ показал, что изоляты вируса РРСС 1-го типа относились к 1 подтипу. Изоляты вируса РРСС 2-го типа генетически были наиболее близки к штамму вакцины Ingelvac® PRRS MLV, что согласуется с ранее опубликованными данными. Выравнивание аминокислотных последовательностей показало, что рассмотренные изоляты характеризуются только одиночными заменами аминокислот.

Ключевые слова: РРСС, ORF7, секвенирование, филогенетический анализ.

Список литературы / References

1. Balka G., Hornyak A., Balint A., Kiss I., Kecskemeti S., Bakonyi T., Rusvai M. Genetic diversity of porcine reproductive and respiratory syndrome virus strains circulating in Hungarian swine herds. Vet. Microbiol, 2008. 127, 128–135.
2. Dewey C., Charbonneau G., Carman S., Hamel A., Nayar G., Friendship R., Eernisse K., Swenson S. Lelystad-like strain of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) identified in Canadian swine. Can. Vet. J., 2000. 41, 493–494.
3. Faaberg K.S., Balasuriya U.B., Brinton M.A., Gorbalenya A.E., Leung F.C-C., Nauwynck H., Snijder E.J., Stadejek T., Yang H., Yoo D. Arteriviridae. In: Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, King, A.M.Q., Adams, M.J., Carstens, E.B., Lefkowitz, E.J. Elsevier Academic Press, 2012, San Diego, USA, 796–805.
4. Kapur V., Elam M.R., Pawlovich T.M., Murtaugh M.P. Genetic variation in porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolates in the midwestern United States. J. Gen. Virol., 1996. 77 (Pt 6), 1271–1276.
5. Keffaber K.K. Reproductive failure of unknown etiology. Am. Assoc. Swine Pract. Newsl., 1989. 1, 1-10.
6. Kvisgaard L.K., Hjulsager C.K., Brar M.S., Leung F.C.C., Larsen L.E. Genetic dissection of complete genomes of Type 2 PRRS viruses isolated in Denmark over a period of 15 years. Vet. Microbiol., 2013. 167, 334–344.
7. Lee C., Kim H., Kang B., Yeom M., Han S., Moon H., Park S., Kim H., Song D., Park B. Prevalence and phylogenetic analysis of the isolated type I porcine reproductive and respiratory syndrome virus from 2007 to 2008 in Korea. Virus Genes, 2010. 40, 225–230.
8. Meulenberg J.J., Hulst M.M., de Meijer E.J., Moonen P.L., den Besten A., de Kluyver E.P., Wensvoort G., Moormann R.J. Lelystad virus, the causative agent of porcine epidemic abortion and respiratory syndrome (PEARS), is related to LDV and EAV. Virology, 1993. 192, 62–72.
9. Nieuwenhuis N., Duinhof T.F., van Nes A. Economic analysis of outbreaks of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in nine sow herds. Vet Rec, 2012. 170:225.
10. OIE – Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals (2017). Chapter 2.8.6. Porcine reproductive and respiratory syndrome. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/tahm/2.08.06_PRRS.pdf/ (дата обращения: 25.06.2018).
11. Rosendal T., Dewey C., Friendship C., Wootton S., Young B., Poljak Z. Association between the genetic similarity of the open reading frame 5 sequence of Porcine reproductive and respiratory syndrome virus and the similarity in clinical signs of Porcine reproductive and respiratory syndrome in Ontario swine herds. The Canadian Journal of Veterinary Research, 2014. 78, 250–259.
12. Shi M., Lam T.T., Hon C.C., Hui R.K., Faaberg K.S., Wennblom T., Murtaugh M.P., Stadejek T., Leung F.C. Molecular epidemiology of PRRSV: a phylogenetic perspective. Virus Res, 2010. 154, 7-17.
13. Stadejek T., Oleksiewicz M.B., Scherbakov A.V., Timina A.M., Krabbe J.S., Chabros K., Potapchuk D. Definition of subtypes in the European genotype of porcine reproductive and respiratory syndrome virus: nucleocapsid characteristics and geographical distribution in Europe. Archives of Virology, 2008. 153, 1479–1488.
14. Stadejek T., Stankeviciu, A., Murtaugh M.P., Oleksiewicz M.B. Molecular evolution of PRRSV in Europe: Current state of play. Vet. Microbiol, 2013. 165, 21–28.
15. Thanawongnuwech R., Amonsin A., Tatsanakit A., Damrongwatanapokin S. Genetics and geographical variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) in Thailand. Vet. Microbiol, 2004. 101, 9–21.
16. Wang P.P., Dong J.G., Zhang L.Y., Liang P.S., Liu Y.L., Wang L., Fan F.H., Song C.X. Sequence and Phylogenetic Analyses of the Nsp2 and ORF5 Genes of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus in Boars from South China in 2015. Transboundary and Emerging Diseases, 2017. 64. 1953–1964.
17. Wensvoort G., Terpstra C., Pol J.M., ter Laak E.A. Bloemraad M., de Kluyver E.P., Kragten C., van Buiten L., den Besten A., Wagenaar F. Mystery swine disease in The Netherlands: the isolation of Lelystad virus. Vet. Q., 1991. 13, 121-130.

Ссылка для цитирования данной статьи

		Тип лицензии на данную статью – CC BY 4.0. Это значит, что Вы можете свободно цитировать данную статью на любом носителе и в любом формате при указании авторства.
Ссылка для цитирования. Ткачик Т.Э., Толькова Е.С. ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ИЗОЛЯТОВ ВИРУСА РЕПРОДУКТИВНО-РЕСПИРАТОРНОГО СИНДРОМА СВИНЕЙ ПО ГЕНУ ORF7 [PHYLOGENETIC ANALYSIS OF ORF7 SEQUENCES FROM PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUS ISOLATES] // International Scientific Review of the Problems and Prospects of Modern Science and Education: XLVII International Scientific and Practical Conference ( Boston, USA - 26 July, 2018). с. {см. сборник}